一口氣把16集《秘密森林》全部刷完之後，會發現劇情本身其實並不特別燒腦，真正讓人感到複雜的是它走了一段很長的彎路才切入核心主軸，加上途中不斷有新角色加入，前幾集確實容易讓人看得有點混亂，但只要撐過前段，後面就會越來越流暢。
為了日後能夠清楚回顧，這裡把1到16集的劇情全部整理成一份完整紀錄。畢竟16集分散開來要一集一集翻找實在太麻煩。PS：正因為是全16集的劇情彙整，文章篇幅相當長！基本上只要跟著劇情紀錄讀下去，案件中的各個關聯自然就會浮現，整個事件的脈絡也就清楚了。
《秘密森林》第一集劇情：朴武成命案開端
黃始木從小對外界聲響和刺激極為敏感，稍微大一點的聲音就會讓他頭痛到幾乎昏倒。在他幼年時，醫生建議他接受「切除腦蛋白手術」，但這項手術的後遺症非常極端——不是帶來劇烈痛苦，就是從此感受不到任何情緒。手術最終順利完成，卻也從根本上改變了黃始木的性格：臉上再也沒有表情，情緒不因外界起伏，與人溝通也變得疏離，使得旁人普遍覺得他難以相處。
成年後，黃始木成為西部檢察署的一名檢察官。某天，他來到龍山區新光路75-3號找朴武成，卻怎麼也找不到這個地址。朴武成是一家建設公司的社長，慣於在檢察署中廣結人脈，而黃始木認識朴武成，完全是透過同事徐東載的介紹——沒想到第一次見面，朴武成就直接掏出信用卡想要賄賂始木，當場被始木毫不客氣地拒絕。
在路邊，始木遇到一位差點被車子撞到的老太太，向她詢問75-3號的位置，老太太急忙說不知道。就在街道轉角，一輛急速行駛的車子幾乎把老太太撞倒，手中的飯盒散落一地，她嘴裡嚷著那是去親戚家宴客打包回來的菜，要帶給兒子朴武成吃。這一句話說溜了嘴，讓始木知道了真相——原來朴武成早已負債累累，老太太是怕始木是來討債的，才謊稱不認識兒子。
始木之所以登門造訪，是因為朴武成曾對他說過這樣一段話：「你別小看我，你們的命可是握在我手裡，知道嗎？我現在也豁出去了，你一定要轉告次長，要是我去爆料，那小子說不定馬上完蛋，我絕對不會自己一個人去死」。說完便匆匆離去，這讓黃始木推測此事必然牽涉到檢察院內部的腐敗，因此決定親自上門瞭解情況。
在黃始木和老太太還沒進門之前，老太太就已察覺玄關沒上鎖而感到不對勁，進入屋內後，兩人看到朴武成渾身是血倒在客廳。始木迅速將情緒激動的老太太推出門外，開始獨自分析死因：手臂被刀劃傷、肋骨有輕傷、致命傷在頸部，共被刺了三刀，死者是右撇子，刺傷方式介於挾怨報復和臨時起意之間，犯人並未攜帶凶器，而是使用屋內的刀子作案。
環顧四周，始木注意到桌上有一本書，是從房間裡拿出來的。他心想：一個無聊的男人為什麼不看電視卻在看書？那代表電視有問題。果然，電視故障。始木隨即聯想到剛才差點撞到老奶奶的那輛車，是「漢江龍山有線電視」的維修車——查了朴武成的手機通聯紀錄，的確有一筆記錄，詢問後得知技師已於下午2點到達。始木認定這名叫做姜振燮的技師就是嫌疑犯。
警察因始木報案隨後趕到，始木交代幾句就離去追查姜振燮，這讓金警司覺得非常可疑，於是請後來到場的韓汝珍警官跟上去。在一個紅燈路口，韓汝珍要求始木停下，始木報出自己的身分後，告知對方嫌疑犯在心昌路61號，還特地叫她把警鳴聲關掉，以免打草驚蛇。
抵達目標地點後果然找到姜振燮，經過一番追逐，韓汝珍以矯健的身手順利將他制伏，從他身上搜出一疊現金——他剛剛把從朴武成家拿走的金飾拿去變賣。就在韓汝珍與金店老闆核對物證時，黃始木二話不說把姜振燮帶走。
回到地檢，姜振燮一口咬定那些金飾是在院子裡撿到的，自己沒有進屋。始木在姜振燮的襪底發現血跡，姜振燮才開口說出當時的情況：有人幫他開門讓他進去，進去時人已經死了，他嚇壞了想逃，順手拿了旁邊的金飾，但人絕對不是他殺的，他甚至不認識那些檢察官。
案情傳到部長和徐東載耳中，李昌俊次檢察長為了防止秘密外洩、保住自己，決定把案子轉交給新進實習檢察官永恩秀負責——新人接到案子只會一頭熱地追查殺人案件，自然就會繞過朴武成背後那些不能說的秘密。但黃始木知道後，直接對永恩秀說：「妳別碰這個案子」。
始木再度前往案發現場，在地檢門口遇到金秀燦警司，對方自稱和朴武成只是私下認識。始木反問了一句耐人尋味的話：「你對他（死者）的第一印象是什麼？」，讓金警司一時語塞。
再次到達現場，始木發現原本放在房間桌上的筆電不見了。他推測，一個躲債的人聽到門鈴聲一定不會直接開門，而是先走到窗邊確認來者是誰，於是照做，發現街對面有一輛車的行車紀錄器可能拍到了畫面。果然，行車紀錄器的影像證明門鈴響時朴武成還活著，這讓真正的嫌疑犯指向姜振燮。
有了這項關鍵證據，始木決定將案件交給永恩秀，但沒有立刻把這段影片交給她，等技術部門確認影像沒有遭人為竄改後，才在隔天轉交。徐東載則油滑地來詢問案件進度，當永恩秀提到有關鍵證據要呈交時，徐東載說要漂漂亮亮地贏第一場官司，這種證據不用急著提交，隨即把恩秀手中的USB拿走。
兩個月後開庭，永恩秀表現優異，始木也出席旁聽，令他意外的是辯護席上出現了自己熟悉的臉孔——中學同學金政本坐在被告妻子身邊提供協助。就在恩秀幾乎勝訴、只差最後那段影像證據時，法庭大門突然開啟，徐東載緩緩走向恩秀，將USB交到她手中。恩秀用徐東載傳授的方式漂亮地贏得了初戰，但始木仍提醒她，這種做法其實相當危險。
最後，李昌俊次長找上黃始木，想知道他對案件的看法。始木的結論是：「由第三者犯下的單純強盜殺人案——只要爆料就能讓某人馬上完蛋，肯定有人遭到威脅，種了果卻沒有得到應有回報的朴武成，用招待和貪汙的罪狀要挾某個人。」弔詭的是，始木明知案情不單純，卻還是讓案件就此結案，而最終推翻這個結論的人也是他自己。
於是次長說：「還真是乾淨俐落，果然值得信任」，然後塞了錢給始木。在始木準備離開時，次檢察官補了一句：「是朴社長自己跟我說的，說他跟你聯手，他認為你是個沒血沒淚的人，所以要我在你有所動作之前幫他解決一切，他並不相信你，他只是想表現給我看」。其實始木早就看穿這場交易背後的利益糾葛，只是手上還沒有足夠的證據。
回到辦公室，始木繼續翻閱朴武成命案的卷宗，這時有人從門縫悄悄塞進一封信，始木一看，立刻通報監獄方要確保姜振燮的人身安全，同時自己也跳上車子往監獄趕去。
就在案件已經認定姜振燮為兇手的同時，警方這邊，韓汝珍接獲朴武成社區居民的線報，有人把居民的寵物狗殺死後埋進土裡，散發出的臭味困擾到附近居民。巧合的是，這具狗屍正是埋在朴武成家的後院。汝珍在院子的安全鐵柵欄上發現可疑血跡，當場立即採樣。
《秘密森林》第二集劇情：鐵柵欄上的一滴血，兇手另有其人？
趕到監獄的黃始木已經遲了一步——姜振燮早已利用囚衣上的布條自縊，以死來證明自己的清白。始木親自驗屍後確認並無外力介入跡象，的確是自殺，轉身正要離開，卻在門口遇到姜振燮的妻子哭哭啼啼、情緒失控地喊著話。能把那封信帶出來的只有她，代表她對這件事有所知情。
這讓始木更覺得事有蹊蹺：如果姜振燮是受人委託行兇，為什麼不帶著錢遠走高飛？為什麼至死都堅稱自己是清白的？他馬上想起姜振燮說過的一句話：「檢方偽造證據」——究竟是什麼讓姜振燮如此篤定？這成了一個關鍵問題。
那段行車紀錄器的影像到底有沒有被偽造，是重中之重。始木連夜開車去龍山警察局查看原始影片，鑑識人員說了一句話：「這個拍攝角度真的非常剛好，再偏一點就看不到了」——這句話讓始木心裡一震，某個念頭開始成形，他隨即轉身離去。走出分析室，正好看到金秀燦也從檢驗室走出來，嘴裡嘟囔著：「我快瘋了，為什麼偏偏要交給那個女的負責？」始木想上前追問詳情，卻被李昌俊的來電打斷。
來到次長家，李昌俊正滿腔怒火，因為姜振燮的遺書已在媒體上炸開，開始把黃始木罵得臭頭：一是始木本來不應該親自去抓人，結果卻把自己捲進這灘渾水；二是次長逼問始木為什麼要赴約去朴武成的家。但這個問題讓始木警覺起來——之前次長還在問他去朴武成家的緣由，現在卻直接說「為什麼要赴約」，措辭的轉變讓始木確信李昌俊一定掌握著某些事，因此決定去龍山警察局調閱朴武成的手機紀錄。
開車途中，始木不禁回想起五個月前檢察院全體出差參加研討會時，一名女子和他同乘電梯到10樓的情景，那名女子很可能就是朴武成安排的美女，只是她有沒有進入次長房間不得而知。但可以確定的是，一個靠著金錢和女人巴結別人的人，一旦破產後被對方冷落甚至無視，心裡的憤怒自然會催生同歸於盡的念頭——這也就是朴武成為什麼會說出那番話的原因。
抵達龍山警察署，始木一進門就被韓汝珍撞見，他直接往證物室走，汝珍也跟了上去。始木查閱朴武成的手機通聯紀錄，發現朴武成在和自己通完話後，立刻打電話給一個代號「LCJ」的人——始木立刻明白那就是李昌俊，這也解釋了李昌俊為什麼會問他「為什麼要赴約」。而且極有可能，朴武成打那通電話是為了威脅李昌俊，告訴他自己準備把所有真相都告訴黃始木。始木也把稍早看到金警司從DNA檢驗室出來喃喃自語的情況告訴了汝珍。
隔天，韓汝珍直接詢問金秀燦血液報告的結果，金警司答說：「是狗血，不是人血」，汝珍沒有繼續追問——但我想她早就留了一手，刻意裝作不知道。於是汝珍自己來到檢驗所，發現鐵柵欄上的血跡屬於朴武成。問題來了：朴武成的血跡為什麼會出現在一個和他毫無關聯的地方？唯一合理的解釋是，兇手沾上了朴武成的血，不小心遺留在那裡——也就是說，真正的兇手另有其人。
疑點一一浮現：1. 金秀燦警官為什麼說謊？2. 姜振燮真的有可能是被誣陷的？3. 開庭時的影片是否為檢方偽造的？4. 黃始木當初去朴武成家，真正的目的是什麼？帶著滿肚子的疑問，汝珍氣沖沖地去質問黃始木，始木坦承地告訴她：「朴武成就是金主，錢和女人都有，但破產後，原有的特殊待遇全部消失，接踵而來的是輕視和無視——你覺得接下來會發生什麼？就是威脅了一個位高權重的人，所以慘遭滅口」。
始木認為金警司應該沒有貪汙，因為案發當天他問金警司對死者的第一印象，那個反應說明他對兇手並不熟悉，應該只是奉命行事。至於筆電被帶走，一定是更高層下令，因為裡面藏有性招待名單的證據。
汝珍告訴始木鐵柵欄上的血跡確認是朴武成的，始木想起影像分析人員說的「角度像是被算好的一樣」，決定再次前往命案現場。這一次，他遇到一位計程車司機，說自己在案發三天前（1月13日）因為被人檢舉而無法載客——正是這個安排，讓行車紀錄器剛好拍到姜振燮出現在屋外、以及屋內窗簾被拉開的瞬間。始木推断，那個檢舉者很可能就是兇手或共犯，整個局面都是精心設計的。
根據始木的推理，兇手極有可能是在殺死朴武成之後，立刻去給姜振燮開門的，讓他目睹現場，讓他成為代罪羔羊。最大的可能是：門鈴響起時，朴武成已經死了，站在窗邊那個人根本不是朴武成。
現在始木覺得自己似乎被人利用了。汝珍得出一個結論：如果當天姜振燮沒有比始木早到，那個套路很可能就會套在始木身上，只要他早幾分鐘抵達，嫌疑人就換成他了——這就是始木說自己不想被利用的原因。始木認為，能夠設計出這麼縝密的完美犯罪的，只有李昌俊。
回家路上，汝珍拿著DNA報告不知該如何處置，是否應該公開這個消息？始木對她說：「重點在於，名叫韓汝珍的這個人，到目前為止是怎麼做人的」。於是隔天一早，各大報紙和新聞就出現了姜振燮清白的消息，讓李昌俊目瞪口呆，也讓金警司勃然大怒——因為這條消息正是韓汝珍放出去的。
韓汝珍完全不在乎旁人的眼光，逕自去向金警司索回命案現場的筆電。金警司聲稱因為太忙才漏掉沒有列入證據清單，汝珍拿到筆電後也感到疑惑：既然筆電有作為證據的價值，兇手為什麼沒把它帶走？難道是離開前確認過一次，確定沒問題才走的？汝珍還是抱著一線希望，將筆電送去技術部嘗試復原檔案。
另一方面，在檢察署這邊，韓汝珍的證據翻案讓整個檢察署陷入陰暗時期，不得不面對內部調查和程序審查。永恩秀在媒體的包圍下，名聲受到嚴重損傷。始木走過記者群進入檢察署，恰好看到幾名女性從徐東載負責的特別管制組辦公室走出，其中一人神似當時在研討會飯店10樓遇到的那名女子。始木覺得有什麼不對，趁徐東載不在時溜進他的辦公室，卻還沒來得及看清楚，就被衝回來的徐東載大罵一頓，資料被打翻一地。始木一言未發地離開，不甘心的徐東載跟出去繼續咆哮，正好被李昌俊撞見，立刻制止了他的幼稚行為。
進到李昌俊辦公室，次長說：「基於輿論壓力，至少要有人出來扛」。次長即將升為檢察長，姜振燮這個案子必須找人來頂，令始木意外的是，次長屬意用徐東載當替罪羔羊，同時還決定讓始木未來擔任刑事三部的部長——這很明顯是在拉始木一起淌渾水。始木見機抬高自己的籌碼，直接開口要「次檢察長的位置」。
最後，看著始木上鉤，李昌俊再次叮囑：「你給我記清楚，我不認識朴社長這個人，聽懂了嗎？」這句話既是撇清關係，也是一記警告：不准把我扯進去的意思。
《秘密森林》第三集劇情：黃始木承諾自己２個月內抓到兇手
上一集看似始木要和李昌俊同流合汙，但那不過是他的策略——只有表現得足夠貪心，李昌俊才會信任他、才願意讓他靠近，而靠得越近，就越能挖出更多真相。李昌俊對始木說：「這件事由你而起，就要由你消除它」，還說會助他一臂之力，這說穿了就是次長在利用黃始木替他解決朴武成案件帶來的麻煩。
從李昌俊辦公室出來已是深夜，始木在回家途中看見永恩秀一個人坐在路邊攤喝燒酒。他想到今天恩秀接到家裡電話時的神情，大概是父親永日載出了事。始木其實認識這位前輩——永日載曾任檢察院法務部長，當年黃始木面試時就是永日載出的題，因此他對這位前輩相當敬重。
永日載當年遭李昌俊排擠，連工作都因此丟了。永恩秀一直不敢告訴父親自己進了西部檢察署工作，但姜振燮遺書事件鬧得滿城風雨，永日載自然知道女兒就在那裡，還惹出大事，情緒承受不住而送醫。恩秀認為是黃始木和次長聯手在算計她，因為一開始就是始木把關鍵證據交給她，次長把案子派給她的。始木雖然什麼都沒說，但他心裡顯然盤算著什麼。
隔天，黃始木主動要求上節目談論朴武成案件，在節目中說出姜振燮遺書所提的「不願聽我說話的那個檢察官」就是「黃始木自己」。這等於是替永恩秀擋下了一刀。始木展示那段行車紀錄器畫面，並提及朴武成的血出現在一個與姜振燮完全無關的地方，直接指出真正的兇手是在殺害被害人後，在那裡扮演被害人來開門應聲。這段話形同公開對背後的人下戰帖，也確認了姜振燮不是兇手這件事是事實。最後，始木更立下承諾：會在兩個月內抓到真正的兇手，否則辭去檢察官一職，就算被開除也無妨。
這樣的舉動不只讓始木一夕之間成為明星檢察官，更讓社會大眾的目光重新聚焦在朴武成案件上，也等同於當眾打臉了檢察署過去對這個案件的調查。
始木才不在乎外界的眼光，第一件事就是去找韓汝珍，打算前往訊問朴武成的母親——而他們離開警局時，剛好被局長看到。
車上，始木對汝珍說了一件事：幾年前清州地檢，有個檢察長和首席法官遭到內部舉發，確認嫌疑後被罷免，但風波過去後，兩人透過行政訴訟翻案，一個以研修院長身分復職做到退休，另一個自己開了法律事務所，生活無憂。而朴武成曾告訴始木，在他提供性招待的七年間，只有兩個人拒絕過。這些人都靠著關係和程序讓一切翻轉，好像什麼事都沒發生過，而貪腐早已是檢察系統內的常態——所以在檢察署內部調查朴武成案件根本沒有意義。
汝珍帶始木來到一家三溫暖，原來是因為朴武成的母親在案件後房子遭查封，無處可住，只好在這裡打工。始木訊問老太太的方式像是在審訊犯人，懷疑她是否故意出門製造機會給兇手。不過老太太說出一段重要的話：「案發前一天朴武成接到一通電話，非常生氣，還用了威脅這個字。他不停和人爭吵、罵髒話，但應該不是討債的，因為他後來出去見了那個人，不過很快就回家，心情很差，直接回房間去了。隔天我一早就出門，沒見到他，只幫他準備好飯菜」。這段話讓始木又多了一條線索。而汝珍看到老太太如此孤立無援，便提議讓她住到自己家裡，幫她煮飯，實際上是想給老太太一個棲身之所。
始木一回到檢察署，馬上感受到旁人的指指點點，隨即被姜部長臭罵一頓，李昌俊更是怒到避不見面。只有永恩秀上前，想跟始木說句話，不管署裡的人閒言閒語，趁機對始木說了謝謝。此時汝珍追查到命案發生前一天朴武成接到的威脅電話，是晚上從西部地檢陳情室打來的。始木和恩秀趕去陳情室找到那支電話，卻發現頭頂的攝影機存檔因
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